Le musée n'est pas dessiné comme un bâtiment, mais comme un morceau de ville. A l'opposé d'un «objet architectural», le projet s'intègre dans la morphologie urbaine. Son organisation interieure, autour d'une rue intérieure bordée par la boutique, le restaurant et les ateliers, qui dessert l'ensemble des fonctions «musée» (espaces d'expositions, salle de spectacle & conférence...) invite l'espace public à pénétrer au coeur du bâtiment : la frontière entre la ville et le musée est abolie. 

L'aspect extérieur revêt une forme simple et reconnaissable, qui symbolise le musée et son rayonnement culturel international. L'enveloppe est constituée d'une enceinte en béton blanc architectonique, qui délimite et protège l'espace du musée, à l'image des «musées-palais» historiques. Mais pour accueillir la ville au coeur du palais et l'ouvrir à tous, cette enceinte est rongée, jusqu'à devenir une résille squelettique qui couvre la totalité de l'enveloppe. Le long des façades, cette résille s'ouvre sur la ville et se ferme pour protéger les espaces du musée, créant un volume homogène mais sans cesse fluctuant au fil de la déambulation, et de la lumière du jour. La création d'un sous-sol pour gérer l'ensemble de la logistique du musée et du port permet de libérer les façades et les espaces extérieurs des contraintes fonctionnelles. L'ensemble des façades est traité avec le même soin pour créer un volume épuré. Des cheminements paysagers réservés aux piétons et vélos sont aménagés depuis le port, le parc et le centre ville. 

L'aménagement intérieur : La rue intérieure est à la fois le hall du musée, un espace d'exposition pour des oeuvres monumentales, et un espace public ouvert à tous, animé par la boutique de design et le café/restaurant. Ce vaste espace, bordé d'un coté par les falaises de bois et de l'autre par la résille béton largement ouverte sur la mer, décloisonne le musée et y invite la ville et ses habitants. Les espaces d'exposition sont éclairés naturellement grâce à des puits de lumières, qui filtrent les rayons du soleil et diffusent dans les pièces un éclairage indirect homogène. Ces dispositifs peuvent être occultés selon les besoins scénographiques. De même, l'auditorium bénéficie d'un éclairage naturel généreux orienté vers la scène, occultable en cas de spectacle.